O Projeto Marcos é um programa que visa o melhor preparo e amadurecimento dos participantes. O programa inclui períodos intensivos de desafios, seguidos por oportunidades de reflexão e autoavaliação com duração de aproximadamente um ano. O propósito é colocar o aluno em situações desconhecidas e inesperadas que o levem ao limite de suas forças, a uma profunda reflexão sobre a suficiência do Senhor e a importância da igreja, desafiando-o a servir a Ele, seja como vocacionado ministerial ou profissional. O termo “Projeto Marcos” é baseado na vida do jovem João Marcos (Atos 13:13), que vacilou e acabou voltando para junto de sua mãe e de seus familiares logo na sua primeira viagem missionária com Paulo e Barnabé. Porém amadureceu e se tornou útil para o ministério (2Timóteo 4:11). O Projeto Marcos existe para capacitar vidas para cumprir a grande comissão através do oferecimento de um curso residente com oportunidades de crescimento bíblico, envolvimento com alguns campos missionários por meio de viagens, treinamentos, discipulado, relacionamentos e trabalhos no campus. Essas experiências moldam o caráter do aluno ajudando-o a perceber sua vocação: se ele irá atuar no Reino de Deus com sua formação profissional e/ou vocação ministerial. O alvo do primeiro ano é estimular a maturidade; proporcionar conhecimento sobre a Missão de Deus; e a descoberta e desenvolvimento vocacional.